Aquí se asentó con la idea de poner en marcha un pequeño complejo asistencial al servicio de los peregrinos jacobeos. Murió en 1097, siendo aclamado y honrado como santo. En 1511 fue proclamado patrono de la ciudad.
El Monasterio de San Juan se mantuvo bajo la disciplina benedictina de Casa-Dei, que le nutrió de la mayor parte de los monjes, hasta 1436.
Ese año se integró en la Congregación de San Benito de Valladolid, comenzando una nueva etapa espiritual y cultural que no concluyó hasta la Desamortización de Mendizábal, en 1836. A partir de entonces, se inicia un periodo de utilizaciones diversas y de abandono que acabó con la ruina de buena parte del edificio.
Nada queda del antiguo edificio románico de la época del santo fundador. La primitiva fábrica monacal vivió un momento de enorme transformación a mediados del siglo XV, a raíz del incendio que se produjo en 1436, que destruyó totalmente la iglesia.
La iglesia monástica tenía tres naves, crucero y una capilla mayor de gran profundidad que permitía alojar en ella una gran sillería coral. La cubierta debió estar formada por bóvedas góticas con nervios rectos, formando una rica tracería de forma estrellada. Su autoría se atribuye a Juan de Colonia, el más importante artista del momento en Burgos.
